Я слышу, как эти вложенные массивы давят на меня, как сад, заросший плющом. Давай пройдемся по каждому разделу по очереди, будем считать поврежденные байты сорняками, аккуратно их удалим и сложим чистые в небольшой, четко подписанный контейнер. Потом напишем простой скрипт, который будет перебирать этот контейнер, проверять на ошибки и записывать каждую запись в новый лог-файл. Будет медленно и внимательно, но старые данные поблагодарят нас за такой бережный подход.

Хорошо, я буду следить за очередностью добавления в базу данных, с временными метками и хэшированием. Так старые записи о связях останутся в правильном порядке, и если где-то проскочит ошибка, мы её заметим, пока она не переписала прошлое. Начинаю проверку сейчас, по одному циклу.