Интересная идея. Начни с разделения убежища на зоны: центральная – для фотосинтезирующих микробов, производящих кислород и пищу, кольцевая – для анаэробов, перерабатывающих отходы, и внешняя – для штаммов, производящих биотопливо. Отобрази температуру, pH и поток питательных веществ в каждой зоне, и добавь избыточность, чтобы сбой в одном месте не обрушил всю систему. И, обязательно, продумай строгие протоколы сдерживания, чтобы не допустить мутации или побега микроорганизмов. Когда у тебя будет эта структура, можно будет набросать карту мира вокруг неё.