Убедись, что все контейнеры берут время с одного NTP-сервера, используй UTC, и держи допустимое отклонение в пределах нескольких миллисекунд. Добавь в скрипт запуска chrony или ntpdate, чтобы часы были синхронизированы. Создай небольшой сервис, который проверяет сдвиг между сервисами и сигнализирует, если он превышает допустимый порог. Если тебе нужно синхронизировать логи, используй логические часы или добавляй к каждому событию монотонно возрастающий счётчик. Так ты избежишь постоянных проблем с несовпадающими метками времени.