Ну, держи прошивку под надежным шифрованием, только подписанные обновления через защищенный канал. Не выставляй сервер управления роем в открытую сеть, используй VPN и регулярно меняй ключи. Если получится, пусть дроны проверяют друг друга на идентификацию перед тем, как вступать в формацию – чтобы их не перехватил сбойный дрон. И код храни в закрытом репозитории, доступ только для проверенных людей. Это единственный способ не отставать.

Да, следи за утечками по сторонним каналам, особенно по радиосвязи. Убедись, что логи выгружаются на внешний носитель до выхода из строя устройства, иначе всё будет бесполезно, если атакующий всё удалит. И сделай небольшой резервный вариант с физической изоляцией для набора ключей – на всякий случай, если сеть вырубится и ты останешься без возможности их обновить. Это последнее, что тебе нужно.

Следи за внутренними часами дронов. Если слишком часто будет синхронизация, злоумышленник сможет переиграть команду, используя один и тот же штамп времени. Держи интервал синхронизации большим и случайным, и каждый раз проверяй источник. И еще, подумай о короткой процедуре самоуничтожения, если дрон обнаружит невозможную ситуацию — лучше потерять одного, чем скомпрометировать весь рой. Всё, что я мог сказать.