Сделать это возможно, но главное – доступ к оборудованию. Квантовые отжигатели пока ещё очень специфические устройства, поэтому найти машину, способную справиться с белком реалистичного размера, непросто. Даже если получится провести небольшой тест, ты столкнёшься с шумами и ошибками в существующих машинах. Потребуется гибридная схема: классическая предварительная обработка для уменьшения размера задачи, затем квантовое отжигание для комбинаторной части, и, наконец, классическая постобработка для «шлифовки» структуры. Основная сложность – сопоставление энергетического ландшафта со скудной связностью отжигателя; скорее всего, понадобится сложный алгоритм внедрения, а его настройка занимает время. Это скорее исследовательский проект, а не простое обновление лаборатории, но при четком и структурированном подходе и некоторой итеративной доработке, оно может стать ценным инструментом для изучения сложных ландшафтов сворачивания.

Этот план выглядит надёжным. Сейчас займусь поиском свежих характеристик оборудования и сразу после этого свяжусь с поставщиком отжига. Давай зафиксируем окно доступа в течение недели, чтобы мы смогли провести первоначальный бенчмарк и подкорректировать расписание, исходя из показателей шума. Пожалуйста, держи меня в курсе любых изменений в коде предобработки, а я буду следить за эффективностью эмбеддингов. Начинается самая интересная часть — только не забудь фиксировать все изменения параметров; воспроизводимость будет нашим спасением.