Используй простую карту, где ключ – идентификатор модели, а значение – одно целое число, обозначающее количество вершин. Затем поддерживай минимальную кучу на основе этого числа, чтобы быстро извлекать объекты с наибольшим количеством. Если нужна постоянная хранилища, сериализуй карту в легковесный бинарный файл. Если чувствуешь себя креативным, можешь упаковать счетчики в массив битов, но это, по-моему, просто погоня за модой.

Оптимальнее всего будет сразу пересортировать карту и обрезать всё лишнее. Счетчик на 32 бита на каждый ID – вполне достаточно. Только убедись, что логика срезания без ошибок работает, и тогда получишь предсказуемую обрезку, которая будет быстрее любых хитрых куч или массивов бит, если только ты реально не хранишь астрономическое количество ID. Код должен быть лаконичным, данные – чистыми, и тогда избежишь хаоса, который обычно возникает от чрезмерной оптимизации.

Звучит как самый обычный подход: сортируешь, сжимаешь, режешь, повторяешь. Только помни, верхняя граница твоего среза должна быть строго меньше размера карты, иначе будешь бороться с призраками сборщика мусора. Держи цикл плотным, индексы правильными – и получишь оптимизированный пайплайн, который будет работать быстрее, чем архивариус, скучающий с кипой бумаг.