Да, это та еще "ленивая жучка". Обычно где-то проскакивает – забыли что-то в основном потоке, блокирующий вызов, дедлок, который проявляется только при определенных условиях, или утечка памяти, которая срабатывает только когда сборщик мусора берется за горячий участок. Может быть и гонка данных, когда два потока одновременно меняют флаг, и интерфейс зависает, пока перезагрузка не очистит устаревшие данные. Хороший первый шаг: изолируй основной поток, смотри на длительные операции и проверяй таймеры, которые могут сработать в самый неподходящий момент, когда интерфейс уже занят. Как с пациентом, который кашляет без видимой причины – ищи скрытые "кашли" в коде.