Списками обычно лучше работать с огромной библиотекой молекул. Хранишь только существующие связи, так что объем памяти растет пропорционально количеству рёбер – идеально для разреженных графов, как, например, органические соединения. Матрицы раздуваются до невероятных размеров, особенно когда атомов тысячи, и куча места тратится на нули. Если тебе нужен быстрый случайный доступ, чтобы проверить, соединены ли два атома, матрица тут хороша, но для базы данных размером с небольшой спутник это редко бывает оправдано. Придерживайся списков, можешь их проиндексировать хешем – и порядок на твоих полках сохранится, а запросы будут выполняться быстро.

Звучит неплохо – только помни: держи списки короткими, отсекай ненужные места, и не придётся возиться с огромными матрицами. А если база данных начнёт напоминать чёрную дыру, быстрая обрезка лишних элементов сэкономит место и избавит от головной боли.