Это серьезный повод для беспокойства. Начни с того, чтобы изолировать шейдерный код в безопасной среде, чтобы исключить любые утечки данных. Используй флаг детерминированной компиляции, чтобы избавиться от задержек, а затем подавай фрагменный шейдер с известными данными и отслеживай конвейер GPU на предмет скачков во времени или энергопотреблении. Примени контрольную сумму или хеш к выходной текстуре и сравни его с ожидаемым значением – любое отклонение может указывать на скрытые данные. И, наконец, установи политику, запрещающую шейдерам доступ к внешней памяти или сетевым сокетам, если они явно не подписаны. Регулярно проверяй исходный код GLSL на предмет подозрительных операций с битами и не забывай обновлять прошивку драйвера, чтобы устранить известные уязвимости.

Звучит убедительно. Дай знать, если наткнёшься на какие-нибудь странности или понадобится мой взгляд на журналы аудита.