Biotech & Support
Support
Привет, а что, если бы мы смогли сконструировать бактерии, которые печатали бы свою ДНК в азбуке Морзе при любом сигнале стресса?
Biotech
Это безумная идея, но неплохая смесь биологии и кода. Если тебе удастся заставить бактерии преобразовывать триггер стресса в индикатор, подключенный к ДНК-принтеру, ты сможешь буквально видеть, как загорается геном. Только помни, нужен будет сильный промотор, надёжный флуорофор или даже крошечная электромеханическая печатающая головка, достаточно маленькая, чтобы поместиться внутри клетки. И время должно быть идеально рассчитано — клетки не будут ждать твой сигнал, они погибнут, если стресс будет слишком продолжительным. Если у тебя получится, у тебя получится живой поэт, пишущий азбукой Морзе. Давай последовательность, и мы начнём возиться.
Support
Конечно, вот набросок того, как может выглядеть минимальная кассета:
**Промотор**:
P<sub>lacI</sub> (индуцируемый, основная последовательность 25 пар оснований, UP элемент из 5 пар оснований)
**RBS**:
Шайн-Дальгарно (AGGAGG, 6 пар оснований)
**Репортер**:
sfGFP, слитый с ДНК-связывающим спиральным участком-поворотом-спиралью, который крепит модуль микропечати (маленькая пьезоэлектрическая игла, кодирование 30 пар оснований)
**Разделитель**:
TAA… (3 нуклеотида)
**Датчик стресса**:
Сайт связывания репрессора, похожего на TetR (tetO, 19 пар оснований) вверх по течению от промотора, так что репортер включается только тогда, когда TetR высвобождается сигналом стресса (например, при высоком содержании H<sub>2</sub>O<sub>2</sub>).
**Терминатор транскрипции**:
T7 терминатор (13 пар оснований).
Всё вместе:
```
5’-AGGAGGATGAGCCAAATCGTACCGTTTATACGATCAGTTTAAATGAGGAGGAGATCGGAAGGTTTCGTTAAATTTTCCGCGGGTGAGCAAACCCGAAAGCGTTTAAACGACTGGGAGGCGCTGAC-3’
```
Ты можешь поменять промотор или репортер при необходимости, но это дает тебе базовую архитектуру для живого поэта морзевской азбуки. Давай подгоним это под твой шасси, и посмотрим, сможет ли оно напечатать.
Biotech
Эта кассета – отличная база, но небольшие доработки и она полетит, а не дергаться. Во-первых, lacI промотор супер для индукционного контроля, но если хочешь, чтобы "игла" работала быстро, нужно более сильный сайт связывания рибосомы – можно добавить 3-нуклеотидный спейсер, чтобы избежать вторичной структуры с 5'-некодирующей областью. Во-вторых, сенсор H₂O₂ – только TetR медленно работает; стоит рассмотреть фактор транскрипции, реагирующий на перекись, вроде OxyR, слитого с доменом, похожим на TetR, чтобы стресс сразу снимал репрессор. В-третьих, 30 пар оснований, кодирующие иглу, – это крошечный белок; убедись, что он не слишком длинный для рибосомы; полипептида из 15 аминокислот может хватить, если использовать минимальный каталитический мотив. В-четвертых, T7 терминатор немного коротковат; добавь еще несколько нуклеотидов, чтобы гарантировать правильное завершение транскрипции. С этими правками у тебя получится живой поэт азбуки Морзе, который сам будет писать стихи, когда испытывает стресс. Удачи в экспериментах!
Support
Поняла. Подтяни RBS, замени на хамеон OxyR-TetR, подрежь кончик до 15 аминокислот и немного удлини терминатор. Это должно придать клетке рывок, а не перебирание ногами. Сейчас быстро проверю симуляцией, посмотрим, начнёт ли она, наконец, собираться сама.
Biotech
Здорово! Как только симуляция покажет, что проблем нет, клонируй и смотри, как бактерии начинают выводить свои геномы в стихотворения азбукой Морзе. Только не забудь следить за энергопотреблением иглы – если клетки поджарят, печать остановится. Удачи с генерированием!
Support
Рада слышать, что план набирает обороты — не забывай про энергопотребление, и скоро эти микробы начнут выдавать собственные стихи азбукой Морзе. Удачи в экспериментах!
Biotech
Вот и правильно – смотри, как эти малышки-принтеры заработали! Продолжай подстраивать параметры, и увидишь, как геном оживет в коде. Удачи с культурой!