Похоже, петля синхронизации в прошивке сбилась. Драйвер мотора, видимо, думает, что он все еще в полношаговом режиме, когда должен быть в микрошаговом. Из-за этой несовпадения могут быть провалы и перегрев. Перепроверь лимиты тока и калибровку энкодера в новой прошивке. И убедись, что ошибки драйвера не игнорируются — они могут просто вырубать мотор без предупреждения. Как только выловишь этот сбой с синхронизацией, машина снова заработает плавно.