Здесь нет никаких волшебных заклинаний, только строгая дисциплина: используй жёсткий контроль версий, запускай автоматизированное фаззинг-тестирование после каждого изменения и постоянно отслеживай любые аномалии в рабочей среде. Относись к каждому байту как к стражу и запирай его избыточностью и оповещениями. Это и есть настоящая защита.