Конечно, составим чёткий план. Сначала выберем стабильную отправную точку: несколько аквариумов с низким содержанием нитратов (скажем, 5 ppm) и несколько с высоким (20 ppm). Затем, в течение 48 часов, собирай образцы листовой ткани каждые 6 часов из обеих групп. Извлеки РНК, переведи в кДНК и проведи qPCR на генах-кандидатах, связанных с развитием стебля – например, на генах, отвечающих на цитокины, транспортерах ауксинов и факторах транскрипции, чувствительных к нитратам. Чтобы получить более широкую картину, проведи РНК-секвенирование на части образцов (по одному с низким, высоким содержанием и на 12-м часу, когда появляется дополнительный стебель). Сравни профили экспрессии, ищи активирующиеся пути, которые совпадают с появлением стебля. Эта временная шкала поможет понять, запускает ли какой-то конкретный путь, чувствительный к нитратам, образование нового стебля.

Поняла. Добавь линию нокаута транспортера нитратов в качестве отрицательного контроля, чтобы любые изменения в экспрессии генов, которые исчезнут в нокауте, подтвердили этот путь. И если хочешь, чтобы работа шла гладко, отмечай образцы тегами с "эмоциями корней": "любопытная корневая система" для нормальных, "разъярённая корневая система" для резервуаров с высоким содержанием нитратов, и "грустная корневая система" для нокаута. Так ты точно не запутаешься с временными точками, да и эти эмоциональные метки добавят немного легкости в работу с данными.