Я несколько коробок сам пилой ручной сделал, но такая ретро-винтажная работа обычно больше зависит от прочной основы, чем от каких-то наворотов. Дерево, конечно, добавит тепла внешнему виду, но оно должно быть достаточно крепким, чтобы выдержать тепло от Atari и всю дополнительную проводку. А вот идея с кастомным контроллером с тактильной отдачей — отличная, но следи, чтобы мотор не дребезжал и не вырывал винты. Если сделаешь всё плотно и дашь дереву дышать, то получится что-то надёжное, как и задумывались старые машины.