Конечно. Сначала проверь напряжение на шине питания – даже малейший пульс может просочиться через драйвер. Попробуй добавить небольшой последовательный резистор на линию светодиодов, где-то 10-20 Ом, это погасит высокочастотные скачки, не добавляя много компонентов. Если шум останется, попробуй использовать драйвер быстрого MOSFET для сглаживания краев ШИМ. И еще, убедись, что дорожки на плате короткие и широкие; небольшое изменение трассировки может значительно уменьшить индуктивные помехи. Попробуй это и скажи, что получилось.