Звучит как интересная задачка. Держи все лаконичным, убери лишний шум и сделай это быстро. Можешь сбрасывать логи в никуда, запускать в демоне без вывода в консоль, использовать epoll вместо опроса, и следи за тем, чтобы память использовалась максимально эффективно – с mmap, если надо. Если речь о скрытности, заобфусцируй бинарник, убери символы, может, даже используй маленький загрузчик, который будет подгружать основной код по запросу. С чего начнешь?