Похоже на типичную проблему с утечкой мотивации. Сначала добавь небольшой аудит-трейл – логируй каждое начисление очков, временную метку и состояние задачи. Потом запусти скрипт воспроизведения, чтобы пройтись по логу и проверить на пропуски: не начислялись ли очки до завершения задачи? Если обнаружишь недочет, добавь защиту, которая будет выдавать очки только после установки флага завершения. Затем добавь счетчик, который будет сбрасываться, если задача простаивает больше, скажем, 48 часов – это будет твоя защита от прокрастинации. И, наконец, запусти все это под отладчиком и смотри за состояниями – иногда два процесса одновременно решат, что они первыми завершили, и произойдет двойное начисление. Как только добавишь эти проверки, твое дерево навыков будет как свежеотполированный API – без единого бага.