Я бы начала с простой, трёхступенчатой структуры: в корне – "Научно-исследовательская лаборатория КБ", внутри – папка "Заметки" для быстрых мыслей, "Литература" для полных статей и обзоров, и "Проекты" для текущей работы. Под "Заметками" создай подпапки по дате или теме, под "Литература" – разделы по году или источнику (журналы, конференции), а под "Проектами" – папка для каждого проекта с подпапками для черновиков, данных и ссылок. Получится простая, расширяемая база, которая позволит тебе копать глубже, не запутываясь.