Ну, тут всё дело в многослойности – физической и виртуальной. Сначала изолируй серверы, где это возможно – используй физическую изоляцию. Потом установи строгий контроль доступа, двухфакторная аутентификация для всех, кто может зайти в систему. Регулярно проводи аудит кода, сразу устраняй уязвимости, делай резервные копии на отдельный носитель. И не забудь про отдельный план реагирования на инциденты, который нужно отрабатывать каждый квартал. Недостаточно просто защищать саму работу, нужно защищать данные, которые делают её реальной.