Да, именно так и надо подходить к делу. Рассматривай каждую резонансную частоту как ограничение, а "пригодность" пусть будет суммой отклонений от карты стабильных орбит. Получится функция затрат, которая будет штрафовать хаотическое отклонение. Это отличный способ превратить беспорядочные данные в решаемую задачу оптимизации. Если нужна математика – просто скажи, без лишних слов объясню.